Rastlinstvo v vodotoku in ob Kamniški Bistrici je močno spremenjeno. Natančnejša analiza alg bi pokazala, da gre predvsem v spodnjem delu za močneje onesnaženo reko. Prodniki so gosto obrasli s plastjo alg, ki se prehranjujejo s hranilnimi snovmi, raztopljenimi v vodi. Čista reka vsebuje manj hranilnih snovi, zato je tudi alg manj.

Poseben problem za reko predstavljajo posegi v reko: regulacije, utrditve struge in brežin. Nekatere posege dinamika reke oziroma "moč" narave lahko v določenem času popravi (območje se samo ponovno zaraste) ali pa bolj naraven videz skušamo doseči z različnimi posegi (renaturacija). Žal so bile v preteklosti regulacije izvedene tudi na takšen način, da renaturacija ni več mogoča, zato izgled vodotoka na nekaterih odsekih ne bo nikoli več naraven ali sonaraven. Prav zato je posebej pomembno ohranjati sorazmerno naravne odseke vodotoka in vse tiste kvalitete, ki so še ohranjene. Na območju občine Domžale je to predvsem odsek vodotoka pod Homških hribom, obvodna vegetacija in gozdovi ob vodotoku ter celotni zeleni obvodni pas.